Hauptorgel in St. Nikolai
Das Pfeifenwerk der Hauptorgel in St. Nikolai wurde von Johann Gottlob Mende (1787-1850) erbaut und 1976 aus Freiberg (Sachsen) angekauft. Durch die Umsetzung nach Wismar konnte eine aus der Silbermann-Tradition stammende Orgel erhalten werden.
Ein bereits vorhandener, historischer Wismarer Orgelprospekt blieb ebenfalls erhalten und wurde für das Pfeifenwerk aus Freiberg umgearbeitet und durch Seitenfelder ergänzt. 1995 begannen die Restaurationsarbeiten durch die Firma Groß & Soldan aus Waditz bei Bautzen. Die Orgel besitzt heute 30 Register, verteilt auf zwei Manuale und Pedal.
Chororgel in St. Nikolai
Die Chororgel ist ein Neubau aus dem Jahr 2010. Dennoch wurden für das Instrument auch Pfeifen einer historischen Orgel verwendet, die in Resten hinter der Hauptorgel auf der Westempore erhalten ist. Dabei handelt es sich um Pfeifenmaterial des Orgelbauers Friedrich Wilhelm Winzer.
Die Chororgel wurde von Johannes Soldan erbaut und dient im Wesentlichen der Gemeinde- sowie Chorbegleitung. Sie eignet sich hervorragend als Continuoinstrument. Die Orgel besitzt 10 Register, verteilt auf zwei Manuale und Pedal.
Sauer-Orgel in der Neuen Kirche
Die Orgeln in St. Marien und St. Georgen wurden durch die Bombardierung Wismars im Jahr 1945 zerstört. Die Neue Kirche wurde 1950/1951 nach einem Notkirchenentwurf von Otto Bartning nahe des St. Marien-Forums errichtet. Sie ist bis heute der Hauptgottesdienstraum der Gemeinde.
Die verbundene Gemeinde St. Marien und St. Georgen ließ 1966 eine Orgel von der Orgelbaufirma Sauer aus Frankfurt/Oder aufbauen. 1951 bis 1965 stand die Friese-Orgel aus der Dorfkirche Müsselmow in der Neuen Kirche.
Die Orgel besitzt 16 Register, verteilt auf zwei Manuale und Pedal.
